diff --git a/client.mk b/client.mk
index fba6b4daf809fed8113605c34ad411e084e75e9d..ad6f4b09a1e52de91eedfaf7172d2fdbbb391c04 100644
--- a/client.mk
+++ b/client.mk
@@ -278,6 +278,7 @@ EXTRA_CONFIG_DEPS := \
 	$(NULL)
 
 $(CONFIGURES): %: %.in $(EXTRA_CONFIG_DEPS)
+	@$(PYTHON) $(TOPSRCDIR)/js/src/config/check-sync-dirs.py $(TOPSRCDIR)/js/src/build $(TOPSRCDIR)/build
 	@echo Generating $@ using autoconf
 	cd $(@D); $(AUTOCONF)
 
@@ -346,6 +347,7 @@ endif
 # Build it
 
 realbuild::  $(OBJDIR)/Makefile $(OBJDIR)/config.status
+	@$(PYTHON) $(TOPSRCDIR)/js/src/config/check-sync-dirs.py $(TOPSRCDIR)/js/src/config $(TOPSRCDIR)/config
 	$(MOZ_MAKE)
 
 ####################################